【2026年版】年末調整の総仕上げ！給与支払報告書、法定調書合計表電子申告マニュアル

このマニュアルでは、eLTAX PCdesk（DL版）を使って、市町村への「給与支払報告書」と税務署への「源泉徴収票・法定調書合計表」を一括で提出する手順を、初心者の方にも分かりやすく解説します。

令和7年分（令和8年1月提出）の給与支払報告書・法定調書提出に対応しています。

📅 2026年（令和8年）提出スケジュール

令和7年分の給与支払報告書・法定調書の提出期限

• 提出開始日：2026年1月5日（月）から提出可能
• 提出期限：2026年1月31日（土）まで
  • 土曜日のため、実質的には2026年2月2日（月）までに提出すればOK

⚠️ 重要：1月5日より前には送信できませんので、ご注意ください。

📝 このマニュアルで提出できる書類

eLTAXを使えば、以下の書類を一括で提出できます。

市町村への提出

• ✅ 給与支払報告書（個人別明細書）
• ✅ 総括表

税務署への提出

• ✅ 給与所得の源泉徴収票
• ✅ 給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表

💡 一括提出のメリット：eLTAXで送信すれば、e-Taxを別途開く必要はありません。eLTAXが自動的に税務署へデータを中継してくれます。

🔧 事前準備

提出を始める前に、以下を用意してください。

• eLTAXの利用者IDとパスワード（または個人の場合はマイナンバーカード）
• 電子証明書（法人：ICカードまたはUSBトークン、個人：マイナンバーカード）
• 給与計算ソフトから出力したCSVファイル（作成方法は次項参照）
• ICカードリーダライタ（マイナンバーカードを使う場合）

📊 CSVファイルの作成方法

eLTAXに取り込むCSVファイルは、給与計算ソフトから出力します。ここでは代表的な給与計算ソフト「PCA給与DX」での作成手順を紹介しますが、他の給与計算ソフト（弥生給与、給与奉行、freee人事労務など）でも同様にCSVファイルを出力できます。

PCA給与DXでの作成手順

ステップ1：年末調整メニューから操作開始

1. 年末調整 メニューを開く
2. 給与支払報告書／源泉徴収票 を選択

ステップ2：条件指示画面で設定

以下の項目にチェックを入れます。

• ✅ 印刷等
• ✅ 受給者番号を出力する（社員コードを出力する）
• ✅ 年末調整しない社員の摘要欄に「年調未済」を出力する

設定完了後、「印刷指示」をクリック

ステップ3：出力指示画面で電子申告用データを選択

印刷等の出力指示画面で以下を設定。

• ✅ 電子申告用データ にチェック
• 出力先フォルダ を指定（保存先を選択）
  • デスクトップや「マイドキュメント」内の分かりやすい場所を推奨
  • フォルダ名の例：「2026年給与支払報告書」

設定完了後、「実行」をクリック

ステップ4：電子申告データ出力画面で詳細設定

電子申告データ出力画面が表示されます。

ファイル出力先

• 前画面で指定したフォルダと同じか確認

国税の出力形式

• 光ディスク等（txtファイル）
• e-Tax（xtxファイル）
• どちらでもOK（eLTAXで一括提出する場合は不要）

地方税の出力形式（重要）

• eLTAX（CSVファイル） を選択 ← これが必須！

💡 ポイント：eLTAXに取り込むには、必ず「eLTAX（CSVファイル）」を選択してください。

設定完了後、「出力」をクリック

ステップ5：マイナンバー管理ツールでの認証

1. マイナンバー管理ツールのログイン画面が表示される
2. マイナンバー用のパスワードを入力
3. 「はい」をクリック
4. 「OK」で完了

ステップ6：出力ファイルの確認

指定したフォルダに以下のファイルが作成されているか確認。

• CSVファイル（eLTAX用）← これを使用します
• その他、txtファイルやxtxファイル（国税用）

💡 CSVファイルの名前には、会社名や年度が含まれていることが多いです。例：「ABC株式会社_R7_eLTAX.csv」

他の給与計算ソフトでの作成方法

多くの給与計算ソフトでも同様の手順でCSVファイルを出力できます。

弥生給与の場合

1. 年末調整メニュー → 電子申告用データ出力
2. eLTAX形式を選択して出力

給与奉行の場合

1. 年末調整 → 電子申告データ作成
2. eLTAX用CSVを選択して出力

freee人事労務の場合

1. 年末調整 → 給与支払報告書
2. eLTAX用データをダウンロード

💡 ご使用の給与計算ソフトのマニュアルやヘルプで「eLTAX」「電子申告」「CSV出力」を検索すると、詳しい手順が見つかります。

CSVファイル作成時の注意点

1. eLTAX形式で出力する

• 「e-Tax形式」や「光ディスク形式」ではなく、必ず「eLTAX形式」または「地方税形式」を選択

2. 出力先フォルダを分かりやすく

• デスクトップや専用フォルダに保存
• フォルダ名に年度を入れると後で探しやすい

3. ファイル名に注意

• ファイル名に使えない文字（特殊記号、全角スペースなど）は避ける
• 半角英数字とアンダースコア（_）の使用を推奨

4. マイナンバーの取り扱い

• CSVファイルにはマイナンバーが含まれます
• 厳重に管理し、使用後は適切に削除してください
• USBメモリでの持ち運びは暗号化を推奨

5. 年末調整未済者の確認

• 年末調整をしていない社員がいる場合、摘要欄に「年調未済」などの記載があるか確認
• 必要に応じて給与計算ソフトの設定を調整

📋 操作手順

ステップ1：ログイン

1. PCdeskを起動
2. 「申告に関する手続き」→「申告データの作成」を選択
3. 利用者情報ファイルをダウンロード
4. eLTAXの利用者IDと暗証番号を入力してログイン
   • 個人の場合：「マイナンバーカードを利用する」も選択可能

ステップ2：提出先情報の確認

1. 提出先一覧が表示されます
2. 提出予定の全ての市町村が登録されているか確認
3. 登録されていない市町村がある場合は追加してください

ステップ3：税目の選択

1. 「個人住民税」をクリック
2. 『給与支払報告書・源泉徴収票及び合計表』に必ずチェックを入れる
3. 「次へ」をクリック

ステップ4：支払者情報の確認

1. 支払者情報、連絡先情報が表示されます
   • 一度利用すれば次回から自動入力されます
   • 受給者総数は毎年変わるので要確認
2. 内容を確認して「次へ」をクリック

ステップ5：作成方法の選択（重要）

基本設定

• 作成方法：「CSV取込による作成」を選択
• 支払年分：令和7年分を選択
• 提出年月日：実際に提出する日付を入力（例：2026年1月20日）
• 支払期間：令和7年1月1日～令和7年12月31日

源泉徴収票の事前提出について

「源泉徴収票の事前提出の有無」のチェックボックス

このチェックボックスは、税務署への提出方法を選択するためのものです。

• ⬜ チェックを入れない場合（推奨）
  • eLTAXで給与支払報告書と法定調書合計表を一括提出
  • 市町村と税務署の両方にまとめて送信されます
  • 初めての方や、手続きを簡単にしたい方はこちら
• ✅ チェックを入れる場合
  • 既にe-Taxで法定調書合計表を提出済み
  • eLTAXでは市町村への給与支払報告書のみ提出
  • 税務署への提出は別途e-Taxで完了している場合のみ

💡 2026年版での推奨：eLTAXで一括提出する方が簡単です。チェックは入れないでください。

ステップ6：特別徴収税額通知の受取方法設定（2026年版最新情報）

給与支払報告書を提出すると、市町村から「特別徴収税額通知」が送られてきます。この通知の受取方法を設定します。

特別徴収義務者用（事業者確認用）

会社が保管する正本の受取方法を選択します。

• 「正本の書面を郵送で受け取る」（推奨）
  • 紙の通知書が郵送で届きます
  • 従来通りの方法で確実
• 「正本の電子データをeLTAXで受け取る（正本のみ）」
  • 電子データのみで受け取ります
  • ペーパーレス化を進めたい場合に便利

⚠️ 2026年版の変更点：令和5年分（令和6年度）以降、「正本を郵送+副本を電子データ」という選択肢は廃止されました。正本は郵送または電子データのどちらか一方のみ選択できます。

納税義務者用（従業員配付用）

従業員に配布する通知書の受取方法を選択します。

• 「電子データをeLTAXで受け取る」（推奨）
  • 従業員分のデータが電子で届きます
  • 各従業員への配布が電子化できます
• 「書面を郵送で受け取る」
  • 紙の通知書が郵送で届きます
  • 従来通りの紙での配布

💡 2026年のトレンド：多くの企業が電子データ受取に移行しています。ただし、従業員への説明と配布方法の準備が必要です。

メールアドレスの登録（電子データ受取を選択した場合）

1. 「通知先e-Mail」に受信用のメールアドレスを入力
2. 「送信確認」ボタンをクリック
3. 入力したアドレスに確認メールが届く
4. メールに記載された確認コードを画面に入力

💡 この確認コードがないと電子データを受け取れません！

ステップ7：CSVファイルの取り込み

取り込み前の最終確認

CSVファイルを取り込む前に、以下を確認してください。

• ✅ ファイルは給与計算ソフトから正しく出力されている
• ✅ ファイル形式は「eLTAX形式」のCSV
• ✅ ファイルの保存場所を把握している
• ✅ ファイル名に使用できない文字が含まれていない

取り込み操作

1. 「次へ」をクリック
2. 通知受取方法の確認画面で「はい」をクリック
3. ファイル選択ダイアログが表示される
4. 給与計算ソフトから出力したCSVファイルを選択
   • 保存先フォルダを開く
   • 該当するCSVファイルをクリックして選択
   • 「開く」ボタンをクリック
5. 「チェック完了」と表示されたら「OK」をクリック

💡 ファイルの選び方：複数のCSVファイルがある場合、最新の日付・時刻のファイルを選んでください。

エラーが表示された場合の対処

⚠️ CSVファイルにエラーがある場合、以下のようなメッセージが表示されます。

よくあるエラーメッセージ

• 「必須項目が入力されていません」
• 「桁数チェックエラー」
• 「数値チェックエラー」
• 「使用できない文字が含まれています」

対処方法

1. 「エラー表示」ボタンをクリックしてエラー内容を確認
2. エラー内容を印刷または保存（後で修正作業に使用）
3. 給与計算ソフトに戻ってデータを修正
4. 再度CSVファイルを出力
5. eLTAXで再度取り込み

エラーの主な原因

• マイナンバーの入力漏れ
• 住所の文字数オーバー
• 使用できない外字や特殊文字
• 必須項目（氏名、住所、支払金額など）の入力漏れ

💡 PCA給与DXユーザーへのアドバイス：エラーが出た場合、給与計算ソフト側で社員データを修正してから、再度「給与支払報告書／源泉徴収票」の出力をやり直してください。

ステップ8：法定調書合計表の入力（一括提出の場合は必須）

この手順は、eLTAXで給与支払報告書と法定調書を一括提出する場合に必要です。

なぜ必要？

税務署に提出する「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」は、年間の源泉徴収の総額を報告する重要な書類です。eLTAXで一括提出する場合、この情報を入力する必要があります。

いつこの画面が表示される？

申告データ作成対象一覧画面で、「作成区分」が以下の場合に表示されます。

• 「地方税・国税」：市町村と税務署の両方に提出
• 「国税」：税務署のみに提出

⚠️ ステップ5で「源泉徴収票の事前提出の有無」にチェックを入れなかった場合（一括提出）は、必ずこの画面が表示されます。

操作方法

1. 「合計表入力」ボタンをクリック
2. 「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」画面が開く
3. 以下の必須項目を入力： 基本情報
   • 提出区分：「新規」を選択（初回提出の場合）
   • 整理番号：税務署から通知された番号（ある場合）
   源泉徴収票の提出内容
   • 俸給、給料等の人員：源泉徴収票を提出する従業員数
   • 支払金額の合計：年間の給与支払総額
   • 源泉徴収税額の合計：年間の源泉徴収税額の合計
   その他の法定調書（該当する場合のみ）
   • 報酬、料金等の支払調書がある場合は該当欄に入力
4. すべて入力したら「保存」をクリック

💡 2026年版のポイント：給与計算ソフトから年間集計データを用意しておくと、入力がスムーズです。特に「支払金額の合計」と「源泉徴収税額の合計」は正確に入力してください。

ステップ9：申告データの確認

1. 申告データが表示されます
2. 以下を必ず確認：
   • 市町村名
   • 明細数（従業員数と一致しているか）
   • チェック結果（エラーがないか）
3. 問題なければ「次へ」をクリック

ステップ10：データの編集・確認

1. 作成された申告データが表示されます
2. 確認・編集のポイント：
   • 右上の左右矢印で市町村を切り替えられます
   • 各市町村の統括表を確認
   • 左下の「印刷」ボタンで控えを保存可能
3. 全ての市町村を確認したら「次へ」をクリック

ステップ11：電子署名の付与

1. 「電子署名を行いますか？」で「はい」をクリック
2. 送信する市町村全てにチェックを入れる
3. 「署名付与」をクリック
4. 電子証明書を選択：
   • マイナンバーカードの場合：「ICカードまたはUSBトークンを利用」
   • 法人の電子証明書の場合：該当する証明書を選択
5. 「次へ」をクリック
6. 署名内容を確認して「次へ」をクリック
7. 「署名しました」と表示されたら「はい」をクリック

ステップ12：送信

1. 「引き続き送信を行いますか？」で「はい」をクリック
2. 送信するデータ全てにチェックが入っていることを確認
3. 「送信」をクリック
4. 確認画面で「はい」をクリック
5. eLTAXの利用者IDと暗証番号を入力（またはマイナンバーカード認証）
6. 送信が実行されます

ステップ13：送信結果の確認

1. 「正常に完了したデータを削除しますか？」→「はい」をクリック（推奨）
2. 送信結果一覧が表示されます
3. 必ず「印刷」ボタンで送信結果を保存してください

📬 受付通知の確認方法（2026年版）

提出後、受付通知を必ず確認してください。提出先によって確認方法が異なります。

給与支払報告書（市町村分）

✅ PCdeskのメッセージボックスで確認できます

1. PCdeskを起動
2. メインメニューから「メッセージボックス」を選択
3. 各市町村から「受付完了」のメッセージが届いていることを確認

💡 通常、送信後数分～数時間で受付通知が届きます。

法定調書合計表・源泉徴収票（税務署分）

⚠️ 重要：税務署分の受付通知はe-Taxのメッセージボックスで確認してください

確認手順

1. e-Tax受付システムにログイン
   • URL: https://www.e-tax.nta.go.jp/
   • 利用者識別番号とパスワードが必要
2. メインメニューから「メッセージボックス」を開く
3. 「受信通知」を確認
   • 件名に「【eLTAX】」と表示されます
   • 「受付結果：受付」となっていればOK
4. メッセージの詳細を確認して保存

💡 PCdeskでは税務署からの受付通知は確認できません。必ずe-Taxにログインして確認してください。

e-Tax利用者識別番号がない場合

eLTAXで一括提出を初めて行う場合、e-Taxの利用者識別番号が必要です。お持ちでない場合は、事前にe-Taxで新規開始手続きを行ってください。

e-Tax新規開始手続き

• オンラインで即日取得可能
• 必要なもの：メールアドレス、暗証番号の設定

⚠️ 2026年版 よくある注意点とトラブル対処

1. 提出期限を守る

• 開始日：2026年1月5日（月）から
• 期限：2026年1月31日（土）→実質2月2日（月）まで
• ⚠️ 1月5日より前には送信できません

2. 法定調書合計表の入力忘れ（最多エラー）

症状：「合計表が未入力です」というエラーが出る

原因：一括提出を選んだのに、法定調書合計表を入力していない

対処法

• ステップ8の「合計表入力」ボタンを必ずクリック
• 必須項目（支払金額、源泉徴収税額など）を入力
• 「保存」ボタンを押す

💡 この入力を忘れると、税務署への提出ができません！

3. 特別徴収税額通知の受取方法

2026年版での変更

• ✅ 正本は「郵送」または「電子データ」のどちらか一方のみ
• ❌ 「郵送+電子データ」の両方受取は廃止

電子データ受取を選んだ場合の注意

• メールアドレスの確認コード入力を忘れずに
• 確認コードが届かない場合はメールアドレスを確認

4. CSVファイルのエラー

よくあるエラーと原因

エラー内容	主な原因	対処法
必須項目が入力されていません	マイナンバー、住所などの入力漏れ	給与計算ソフトで社員データを補完
桁数チェックエラー	住所が長すぎる、金額の桁数オーバー	住所を省略形に修正、金額を確認
使用できない文字が含まれています	外字や特殊文字の使用	外字を常用漢字に変更
数値チェックエラー	金額欄に文字が入力されている	給与計算ソフトでデータ確認

対処手順

1. eLTAXで「エラー表示」ボタンをクリック
2. エラー内容を印刷または画面キャプチャで保存
3. 給与計算ソフトに戻ってデータを修正
4. CSVファイルを再出力
5. eLTAXで再度取り込み

💡 PCA給与DX使用時の注意：社員マスタでデータを修正した後、必ず「給与支払報告書／源泉徴収票」の出力をやり直してください。古いCSVファイルには修正が反映されていません。

💡 eLTAX公式サイトでCSVレイアウト仕様書を確認できます

• URL: https://www.eltax.lta.go.jp/
• 「仕様書・様式集」から「給与支払報告書CSVレイアウト」をダウンロード

5. e-Tax利用者識別番号の登録

初めて一括提出する場合、e-Taxの利用者識別番号が必要です。

いつ必要？

• 法定調書合計表を入力する段階で求められます

まだ取得していない場合

• e-Taxで新規開始手続き（オンラインで即日取得可能）
• 法人番号または個人番号が必要

6. 受付通知の確認場所を間違える

間違い例：税務署分の通知をPCdeskで探してしまう

正しい確認場所

• ✅ 市町村分：PCdeskのメッセージボックス
• ✅ 税務署分：e-Taxのメッセージボックス

💡 税務署分は必ずe-Taxにログインして確認してください

7. マイナンバーカードの有効期限切れ

症状：電子署名の段階でエラーが出る

対処法

• マイナンバーカードの有効期限を確認
• 署名用電子証明書の有効期限も確認（発行から5年）
• 期限切れの場合は市区町村窓口で更新

8. ICカードリーダライタの不具合

症状：マイナンバーカードが読み取れない

対処法

1. ICカードリーダライタのドライバが最新か確認
2. USBポートを変えてみる
3. マイナンバーカードの挿入方向を確認
4. カードに汚れがないか確認

🎯 2026年版まとめ

このマニュアルに沿って操作すれば、初めての方でもeLTAXでの給与支払報告書・法定調書の一括提出ができます。

📋 提出前チェックリスト

提出前に以下を確認してください。

事前準備

• [ ] 提出日は2026年1月5日以降
• [ ] 給与計算ソフトでCSVファイルを正しく出力済み
  • [ ] PCA給与DXの場合：eLTAX（CSVファイル）形式で出力
  • [ ] 他のソフトの場合：eLTAX形式または地方税形式で出力
• [ ] CSVファイルの保存場所を把握している
• [ ] CSVファイルにエラーがないことを確認済み

eLTAX設定

• [ ] 提出する全ての市町村を登録済み
• [ ] 法定調書合計表の入力を完了（一括提出の場合）
• [ ] 特別徴収税額通知の受取方法を設定
• [ ] 電子データ受取の場合、メール確認コードを入力済み

電子証明書

• [ ] 電子証明書の有効期限を確認済み
• [ ] ICカードリーダライタの動作確認済み（マイナンバーカード使用時）
• [ ] 署名用電子証明書のパスワードを準備済み

🔑 特に重要な3つのポイント

1. 法定調書合計表の入力を忘れない
   • 一括提出する場合は必須
   • 「合計表入力」ボタンから入力して保存
2. 受付通知は2か所で確認
   • 市町村分：PCdeskのメッセージボックス
   • 税務署分：e-Taxのメッセージボックス
3. 提出期限を守る
   • 2026年1月31日まで（実質2月2日月曜まで）
   • 余裕を持って1月中旬までの提出を推奨

🆕 2026年版の主な変更点

• 令和5年分から、特別徴収税額通知の「正本郵送+副本電子」が廃止
• 電子データ受取への移行が加速
• e-Tax連携による一括提出がより便利に

📞 困ったときの問い合わせ先

eLTAX操作に関する問い合わせ

• eLTAXヘルプデスク
• 電話番号・受付時間は公式サイトで確認

給与支払報告書の内容に関する問い合わせ

• 提出先の各市町村

法定調書の内容に関する問い合わせ

• 管轄の税務署

専門的な相談

• 顧問税理士または最寄りの税理士

これで2026年の給与支払報告書・法定調書の提出準備は完璧です！

計画的に準備を進めて、期限内にスムーズに提出しましょう。